В соответствии с уставом РРЭЦ высшим руководящим органом центра является совет учредителей, коллегиальным органом управления - совет управляющих, образован совещательный орган - консультативный совет.
Восемь членов Совета Управляющих.представляют различные сектора общества: организации государственной власти Российской Федерации, иностранные организации, российские общественные организации, бизнес-структуры и научные сообщества. Собираясь на регулярные заседания. Совет Управляющих принимает решения по текущей деятельности и стратегическому развитию Центра.
Список членов Совета Управляющих РРЭЦ
| Кенинг Эдвин | Старший советник по вопросам политики, Министерство строительства, территориального планирования и окружающей среды Нидерландов |
| Ключникова Елена Михайловна | Апатитское отделение Кольского Координационного Экологического Центра «Гея», Апатитский экологический центр, директор |
| Копьев Вячеслав Всеволодович | Заместитель председателя Совета директоров акционерной финансовой корпорации "Система" |
| Панкин Александр Анатольевич | Заместитель Директора Департамента Международных организаций МИД России |
| Руам Клод | Руководитель отдела расширения Евросоюза и Соседних Стран, Европейская Комиссия |
| Тарасова Наталия Павловна | Директор Института проблем устойчивого развития Российского химико-технологического университета ИМ. Д.И. Менделеева, член-корр. РАН |
| Фоменко Марина Александровна | Центр поддержки местных Инициатив по устойчивому развитию и экологической безопасности (г. Ярославль) |
Консультативный совет является совещательным органом Центра и позволяет максимально учитывать интересы регионов России и различных секторов общества.
Кроме ежегодных общих заседаний эффективной является деятельность секций и рабочих групп Консультативного Совета, которые собираются на разовой и постоянной основе по проблемам текущей и перспективной деятельности РРЭЦ. К работе в таких группах, как правило, привлекаются не только члены Консультативного Совета, но и другие ведущие специалисты в рассматриваемой области.